La Fundación HOMI- Hospital de la Misericordia tiene convenios con 12 universidades a nivel nacional, y en el campo de la medicina post grado con la Universidad Nacional, Universidad del Rosario, Universidad del Bosque, Fundación Universitaria de ciencias de la Salud, Fundación universitaria Sanitas, Pontificia Universidad Javeriana, Universidad Militar Nueva Granada y Universidad San Juan N. Corpas.

En otras carreras con la Universidad Manuela Beltrán, Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca, Universidad los Libertadores entre otras.

Si el aspirante no pertenece a ninguna de las Universidades mencionadas, la forma de solicitar rotación es enviando una carta a Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo. Coordinador de docencia de servicio, quien evalúa la solicitud y de ser viable se envían posteriormente los documentos solicitados y los procedimientos de índole administrativos necesarios para ser aceptado al interior de la Fundación.